Посмотрите концевик педали сцепления,бывает что он откручивается и машина не видит нажатия педали,после запуска мотора эта неисправность никак не влияет на работу машины и сцепления,также при проблемах с этим концевиком не будет работать круиз,если он есть.Еще может быть причиной нештатная сигнализация с автозапуском,но это только в случае если она подключена не по кан-шине.А вообще запуск мотора только при выжатой педали сцепления это просто ради безопасности,чтобы случайно не крутануть стартером на передаче,ну и плюс мотор легче крутится с отсоединенной коробкой.